Hospital Médica San Juan cuenta con el servicio de Farmacia Hospitalaria el cual proporciona apoyo clínico al área médica, cuenta con especialistas en el manejo de todos los medicamentos que se utilizan dentro de las instalaciones, generando tranquilidad para el paciente, con el fin de optimizar la farmacoterapia y mejorar la calidad de la atención sanitaria, así como estimular el uso racional de medicamentos.